Phần lớn đời tư của von Humboldt cho đến nay vẫn là điều bí ẩn vì ông đã thiêu hủy toàn bộ những thư từ cá nhân của mình. Tuy vậy vào năm 1908 nhà nghiên cứu giới tính Paul Näcke cùng cộng sự Magnus Hirschfeld đã đưa ra những nghiên cứu về việc von Humboldt có tham gia vào những nhóm đồng tính ở Berlin[1]. Trong suốt cuộc đời mình, von Humboldt thường bộc lộ những cảm xúc khá mạnh mẽ với phái nam. Ông viết cho người lính Reinhard von Haeften rằng: "Tôi biết rằng tôi chỉ sống thông qua anh, Reinhard đáng quý của tôi, và rằng tôi chỉ có thể hạnh phúc khi có sự có mặt của anh"[2]. Chưa từng lấy vợ, Alexander chỉ có hai mối quan hệ tình cảm với người khác giới trong đời, lần đầu tiên là với người vợ xinh đẹp của Marcus Herz, thầy giáo của ông, và lần thứ hai là một thời gian chung sống ngắn ngủi với người đàn bà có tên Pauline Wiesel ở Paris năm 1808[3].